第一个新关卡是电脑空间“特洛伊亚基地”，这是IrregularHunter的支援设施之一，可以进行“网络内的假想Irregular”的模拟战斗训练。根据任务的过关时间，下一个任务的难度将会随之改变。特洛伊亚基地的BOSS欧普提克·桑弗拉瓦多是具有极高只能的Irregular，他所说的话谁都听不懂。的外型像个向日葵，运用强力的激光武器。他会通过操纵轨道卫星，撒下激光网将X们捕获。与其战斗时一定要抢占先机。

　　还有以个新舞台是旧兵站基地，数年前这里就已经关闭。X们为了调查Irregular来到了这个工厂，现在这里已经被Irregular占领。在这个舞台有“秘密行动”的新要素。如果玩家被监视系统发现，整个戒备系统就会启动，X们将会被敌人团团围住。因此在这里要非常注意激光和保安系统。这个舞台的BOSS是达克尼德·卡玛基尔，他是潜藏在黑暗中将敌人切碎德暗杀者。他的双手持有攻击力极高的镰，拥有吸收X们攻击的能力。其必杀技有覆盖整个画面的强大攻击力。

　　除了两个新关卡介绍外，能够提升X们能力的升级部件也得以公布。关卡中的一些地方隐藏有“盔甲部件”，“盔甲部件H”可提高射击能力，“盔甲部件I”具备激光射击能力。不管是哪一种威力都很高。这次介绍的新武器“DBrave”是S刀状武器，刚好弥补了Zero攻击范围较短的弱点。Axel和往常一样具有复制Irregular的DNA，获得其能力的能力。“Intermission”是任务中的迷你游戏，在本作中，打倒BOSS过关后还有可能出现Intermission，玩这些迷你游戏有机会获得大量金钱。