『新蜀山剑侠传』和传统回合制战斗最大的差异在于飞剑攻击、施展法宝与特殊攻击三个流程是同时间各自处理的，彼此之间还有互相关联性。当战斗一开始之际，双方角色身上所携带之剑将会自动飞上天空相斗，双方的生命将会逐渐因为受伤而降低，受伤的程度与速度则视双方攻防比例而定。如果与多位敌人对战，玩者还可以将己方所有飞剑伤害力集中到其中一个目标，藉以快速削减敌人的数量。在飞剑缠斗的同时，玩者可视状况使用法宝或是特殊技能，如果使用效果是加诸于角色所使用的武器，那么在空中的飞剑将会发出更为耀眼的剑芒，对敌造成更为严重的连续性伤害。而使用其它类型法宝或是特技之时，所有空中的飞剑都会回收，然后法宝即刻产生效果，接下来飞剑再度升空，继续飞剑缠斗阶段，直到双方逃跑或是全灭为止。
当玩者在战斗使用法宝之时，法宝也会因为时常被使用而升级，使其效用更大或是消耗法力更少。玩者除了使用法宝之外，还可以使用本身的特殊攻击，和使用法宝所不同的是，特殊攻击是附带在角色身上，不需要持有特定的物品，然而由于特殊攻击是激发角色本身体内的潜力所发出的，多半都会使角色产生防御力降低、抵抗力降低等负面之效果，玩者必须视情况审慎使用。
法宝或是特殊攻击除了直接伤害敌人或是提升御剑伤害力之外，还会让目标产生多种不良状况，藉以干扰其战斗步调。这些状况包括持续产生损伤的蚀、使其无法动弹的禁或是防止对方自我医疗的煞等等。此类攻击一发出，会伴随一初始伤害值，此值会经过防卫者本身或是所穿护具的抵抗力所抵销，剩下的部分将会加诸于防卫者本身，并且会不断累积，当此值超过角色忍受临界点就可使不良效应生效。玩者有可能会同时遭遇多种不良状态影响，这可能会造成更为严重之影响。值得庆幸的是，此累积值将会随时间过去与受害者体质产生的排毒性而不断被稀释或是被药物所清除，使角色恢复正常。
