隐藏模式
若用以下难易度来完成STORY MODE，便会出现隐藏模式。
难易度 隐藏模式 内容
EASY SOUND MODE
（在OPTION MODE内） 听取声效
NORMAL MODEL MODE
（在OPTION MODE内） 观看
游戏内的所有机体及使徒
HARD ACTION MODE
（在OPTION MODE内） 观看游戏中所发生的特别事件
MISSION SELECT
（在SIMULATION MODE内） 选择STORY MODE任何一版
出现隐藏画面：
在MISSION 5的最后的指令线上，在输入指令时按三次C△掣，当听到有特别声音就代表成功，那玩者就可以看到原本两部EVA是会？陆失败，变成成功的画面。
出现所有的ACTION VIEWER：
当玩家在游戏开始时所播映的DEMO中，出现“株式会社BEC”时立刻按2P手掣的所有C掣，然后同时按1P手掣的START掣，当听到伊吹说话后，便可以令ACTION VIEWER的画面全部出现。
混合对战模式
若能完成HARD MODE和出现所有的ACTION VIEWER后，玩者只要在最初战斗的DEMO中，按？2P手掣的L和R掣，而同时1P亦要按其手掣的START掣，便可以进行EVA和使徒的混合对战模式了。
可以有两位玩家进行的VS MODE
在完成HARD MODE后，选择游玩MISSION 11，然后在说明画面中按2P手掣的R和Z掣，同时亦要按1P手掣的START掣，那此游戏便能够以两人进行。另外，若输入2P的指令期间同时按？C掣，便可以改变2P所使用的角色，1P则要按R和C才可；而其对应的机体是C↑为零号机、C↓为初号机、C←为贰号机，而C→为参号机。
利用绝对领域：
在MISSION 12中与自己的战斗部队战斗时按？C↓来按A，便可以和用绝对领域来向敌人攻击。
上升同步率：
在与同步率有相对关系的STAGE中，在使出绝技时连按A掣，便可以令同步率上升。
